Pareja e Hijos 

Tuvo con María Manuela Guzmán, ambateña, a la que conoció cuando contaba 28 años, su primera relación. Él tenía 31. Con ella tuvo a su hijo Juan Carlos Alfonso, que fue bautizado el 29 de julio de 1866. Después fueron padres de María del Carmen, nacida en Ambato el 8 de mayo de 1869.

Tuvo una relación con una joven con la que tuvo dos hijos, Adán y Visitación.

En Francia conoció a Augustine Conoux con quien se relacionó en sus últimos años y fueron padres de Jean Contoux, nacido en 1886.